上海长三角区域生态环境变化与综合治理国家野外科学观测研究站对接长三角一体化发展的国家战略，在国家林草局城市生态站的基础上，围绕“全球变化和高强度人类活动双重干扰下生态环境变化演变特点、生态安全格局及可持续发展机制”这一关键科学问题，以城市区域半自然及人工生态系统的长期动态观测和数据分析为手段，揭示长三角区域尺度污染特征及演变规律，提出区域生态风险预警、安全调控与生态系统服务功能提升策略，实现从源头控制、过程阻断到末端治理一体化的区域环境修复与综合治理，为长三角区域可持续发展生态环境理论技术创新提供强大支撑，服务长三角一体化国家战略和美丽中国建设。

上海市现代种业协同创新中心于2021年由上海市教育委员会批准成立，协同创新中心依托上海交通大学，联合中国农科院深圳农业基因组研究所，上海农业生物基因中心以及湖南隆平高科种业科学研究院有限公司等种业研发优势单位，协同联动开展种源创新，致力于揭示作物“高产优质高抗”相关重大科学问题机理，及在底盘生物基础上进行复合性状聚合育种，力争在新种质创制和新品种选育上取得原创性突破。

2008年，农业部都市农业（南方）重点开放实验室成立。2010年，农业部对重点实验室重新布局、遴选，上海交大继续承担实验室建设任务，并更名为农业部都市农业（南方）重点实验室。2017年，农业部调整“十二五”已建设命名的学科群和“十三五”新增的学科群，上海交通大学获批为全国都市农业学科群十家重点实验室的牵头单位，承担综合性重点实验室（更名为农业部都市农业重点实验室）的建设任务。2022年上海交通大学继续牵头承担十四五期间农业农村部都市农业重点实验室建设任务，上海交通大学农业与生物学院周培教授担任综合性重点实验室主任。

上海食品安全工程技术研究中心是由国家科技部和上海市政府共同推动，在上海建立全国首家食品安全工程技术研究中心，并经上海市科委批准于2006年11月正式成立。中心依托上海交通大学，以应用为导向，致力于为我国食品安全主动保障体系建设，提供关键技术支撑、工程化应用和社会化服务。

上海市兽医生物技术重点实验室1990年成立，1992年通过验收，由上海市科技进步一等奖获得者、上海市科技精英陆苹教授创立，属于上海市建立的首批重点实验室之一。1999年与上海农学院一同并入上海交通大学。实验室的定位是立足上海、放眼全国，面向动物产业，围绕动物病原微生物与致病机制、人兽共患病预防与控制、模式动物与疾病分析模型、动物疾病性状生物信息学与品质性状改良、动物代谢污染风险分析与生态调控，加强基础与应用基础研究，凝练方向、突出特色，注重成果转化及人才培养。实验室的建设目标是把实验室建成动物疾病防控、遗传繁育以及饲料生产的高新技术研究基地、成果转化基地和专业人才培养基地，成为面向国内外开放的高水平专业实验室，创造条件争取进入国家级重点实验室行列。实验室拥有相对独立的空间，各类仪器设备先进而且齐全。多年来积极营造学术氛围，注重人才培养，以及科研人员的整体素质和科研创新能力的提高。

上海城市森林生态系统国家定位观测研究站（简称：上海城市森林生态站）隶属于国家林业和草原局国家陆地生态系统定位观测研究站网（CTERN），技术依托单位为上海交通大学，建设单位为上海市林业总站，是我国城市森林国家创新联盟理事单位、城市森林生态监测研究联盟总部单位、上海市生态学会科学种子依托单位、上海交通大学本科专业实习基地、国家林草局长期科研基地、国家陆地生态系统定位观测研究站网优秀台站（2022）。