20世纪50年代末，在全国“大办农业，大办粮食”热潮中，为适应上海经济发展和文化建设的需要，上海市委作出了建立上海农学院（上海交通大学农业与生物学院前身）的决定。1959年，上海农学院应运而生，校址设在松江县（现松江区）城北。这是上海市历史上的第一所由地方政府主办的高等农业院校，掀开了上海高等农业教育的新篇章。1963年8月，因国家出现经济、财政困难，上海农学院停办。1978年10月，上海农学院在上海县七宝（现属闵行区）恢复重建。
1999年9月，上海农学院并入上海交通大学，成立上海交通大学农学院。2002年3月，更名为上海交通大学农业与生物学院。2009年5月，进入教育部、农业部合作共建全国八所涉农高校行列。
学院立足立德树人根本任务，探索综合性大学农科创新人才培养模式。现设有植物科学与技术、动物科学、食品科学与工程、农业资源与环境、智慧农业5个全日制本科专业，三个专业获批国家级一流本科专业建设点。学院现有一级学科博士学位授权点4个、一级学科硕士学位授权点4个、专业硕士学位授权点3个。环境与生态学学科进入ESI全球前1‰，农业科学、动植物科学进入前1%。
学院秉持人才强院战略，做好优秀人才引育。目前学院共有教工281人。学院目前拥有国家高层次人才12人，国家级青年人才17人，国家现代农业产业技术体系岗位科学家7人。上海交通大学讲席教授1 人、特聘教授 12人，长聘教授（含长聘研究员）14人，长聘教轨副教授38人，拥有年龄结构合理并在国内外享有较高学术影响力的师资队伍。
