20世纪50年代末，在全国“大办农业，大办粮食”热潮中，为适应上海经济发展和文化建设的需要，上海市委作出了建立上海农学院（上海交通大学农业与生物学院前身）的决定。1959年，上海农学院应运而生，校址设在松江县（现松江区）城北。这是上海市历史上的第一所由地方政府主办的高等农业院校，掀开了上海高等农业教育的新篇章。1963年8月，因国家出现经济、财政困难，上海农学院停办。1978年10月，上海农学院在上海县七宝（现属闵行区）恢复重建。
1999年9月，上海农学院并入上海交通大学，成立上海交通大学农学院。2002年3月，更名为上海交通大学农业与生物学院。2009年5月，进入教育部、农业部合作共建全国八所涉农高校行列。
学院立足立德树人根本任务，探索综合性大学农科创新人才培养模式。现设有植物科学与技术、动物科学、食品科学与工程、农业资源与环境、智慧农业5个全日制本科专业，三个专业获批国家级一流本科专业建设点。学院现有一级学科博士学位授权点4个、一级学科硕士学位授权点4个、专业硕士学位授权点3个。环境与生态学学科进入ESI全球前1‰，农业科学、动植物科学进入前1%。
学院秉持人才强院战略，做好优秀人才引育。目前学院共有教工311人，专任教师195人。学院目前拥有国家高层次人才9人，国家级青年人才16人，国家现代农业产业技术体系岗位科学家7人。上海交通大学讲席教授 2 人、特聘教授 12人，长聘教授（含长聘研究员）14人，长聘教轨副教授42人，拥有年龄结构合理并在国内外享有较高学术影响力的师资队伍。
学院三全育人氛围浓厚。5门课程获国家级、省部级一流本科课程认定；涌现出宝钢优秀教师奖、教书育人一等奖等优秀教师典型。建立“两结合四维度”新农科课程思政模式，受新闻联播报道。依托学科特色，打造覆盖全校的一二课堂贯通的耕读劳动教育体系。学院学子将论文写在祖国大地上，社会实践项目多次获得国家三下乡优秀项目，上海市知行杯决赛特等奖、一等奖。科创项目5次闯入“互联网+”、“挑战杯”国内顶级创新创业大赛，2021年助力交大捧得首枚“互联网+”红旅赛道全国金奖，2022年实现金奖蝉联。
学院着力加强农业科技创新、农业科技推广平台基地建设。建设上海市兽医生物技术重点实验室、国家林草局上海城市森林生态系统国家定位观测研究站、农业农村部都市农业重点实验室、上海食品安全工程技术研究中心等四个省部级平台。上海长三角人口密集区生态环境变化和综合治理野外科学观测研究站正式进入国家站建设序列。对接国家种业振兴战略，组织成立上海市现代种业协同创新中心，成功申报上海市未来农业研究中心。
学院不断深化对外合作与交流，与美国康奈尔大学、以色列耶路撒冷希伯来大学、英国诺丁汉大学等世界一流大学保持深度合作，开展“2+2”双学位培养、暑期实习等项目。新建单细胞生物学联合研究中心、“细胞器功能与逆境响应”马普伙伴研究组、交大-希伯来大学现代农业联合研究中心、农业部一带一路特色经济作物与畜牧产业国际区域创新院等国际科研合作机构，创设《Molecular Horticulture》期刊。
立足新发展阶段，贯彻新发展理念。学院将积极对接国家乡村振兴和种业振兴重大战略需求，依托上海交通大学综合性大学学科交叉优势，探索未知，解决人类发展进程中的共同难题，尽快跻身国内国际农科前沿。风雨兼程自强不息，承前启后再创辉煌。展望未来，学院定将坚定信念、乘势而上，在中国大地上谱写一流农科建设新篇章！
