学院确立了“聚焦基础、创新技术和强化应用”的“顶天立地”的科技创新发展战略，大力推进学科交叉融合发展和人才引育并举，科技创新和学术影响力显著提升，国家级重大科研项目、科研经费、高水平论文量保持快速增长，环境与生态学学科进入ESI全球前1‰，农业科学、植物科学进入前1%。近五年（2020-2024）到位科研经费总计5.71亿元，主持十三五、十四五重点研发项目4项、科技部政府间国际科技创新合作项目5项、十四五重点研发项目青年科学家项目1项、基金委重大研究计划/重点项目6项、基金委优青项目1项、盖茨基金会资助项目1项、上海交通大学“2030计划”项目3项等；发表SCI论文1257篇，获国家发明专利授权337件，新型实用专利/外观设计/国外专利44件；审定定果树新品种、登记蔬菜新品种、畜禽新品种等共40项。获教育部科技进步一等奖1项、教育部科技进步二等奖1项、上海市科技进步奖一等奖1项、上海市科技进步奖二等奖1项。