教育经历
- 2007-2013，武汉大学，发育生物学，博士
- 2003-2007，浙江大学，应用生物科学，学士
工作经历
- 2022-至今，上海交通大学农业与生物学院，教授
- 2020-2022，中国科学院分子植物科学卓越创新中心，研究员
- 2020-2020，中国科学院分子植物科学卓越创新中心，副研究员
- 2018-2020，中国科学院上海生命科学研究院植物逆境生物学研究中心，副研究员
- 2016-2018，中国科学院上海生命科学研究院植物逆境生物学研究中心，助理研究员
- 2013-2016，中国科学院上海生命科学研究院植物逆境生物学研究中心，博士后
研究内容
- 实验室致力于人工智能驱动的蛋白设计与生物制造研究，面向饲用蛋白、生物药物等农业领域的重大需求，交叉应用基因编辑、合成生物学和人工智能技术，开展生物制造产学研用一体化研究，用规模制造的工业思维解决农业生产“卡脖子”关键科技问题。研究方向包括：1）开发新型蛋白设计与进化系统，获得各类具有卓越性能的关键蛋白；2）面向饲用蛋白，构筑以玉米和真菌为地盘的新型生物制造系统。 课题组招收科研助理，热忱欢迎分子生物、计算生物方向本科生、研究生、博士后和科研助理加入！
承担项目
- 上海市农业科技创新项目，K2025002，2025-2030，300万元，参与
- 上海市农业科技创新项目，K2025001，2025-2028，400万元，主持
- 上海市人工智能促进科研范式改革赋能学科跃升计划，2024AIZD009，50万元，主持
- 上海市科技兴农技术创新项目，K2023001，2023-2026，226万元，主持
- 国家级青年拔尖人才，SQ2022QB08348，2023-2025，200万元，主持
- 国家重点研发计划(青年)，2021YFD1201300，水稻和玉米氮高效新种质精准创制与应用，2022-2026，400万元，主持
- 横向科研项目，22H010104285，新型基因编辑工具的挖掘与进化，2022-2024，100万元，主持
- 国家自然科学基金面上项目，32070396，基于翻译调控的水稻分子设计育种及其机制研究，2021-2024，58万元，主持
- 江苏省高层次“双创人才”计划，开放型基因编辑平台的建设，2018，50万元，主持
- 浙江大学常州工业技术研究院合作基金，2016-2021，300万元，主持
- 江苏省常州市“龙城人才”计划，水稻全基因组敲除突变体库的创制，2017，200万元，主持
- 江苏省常州市应用基础研究计划，CJ20190025，水稻新型精准育种技术的开发和应用，2019-2021，60万元，主持
论文
- Yao, Q., Gao, J., Wang, K., Liu, Y., Han, P., Yang, X., Yin, Q., Zhong, D., Ye, L., Deng, Q., Gao, L., Tu, X., Wang, D., Lu, Y. (2026) From Natural Discovery to AI-Guided Design: A Curated Collection of Compact Enhancers for Crop Engineering. Advanced Science.
- Wang, D., Tan, Z., Gao, J., Zhang, S., Shen, J., Lu, Y. (2025) AI4Protein: transforming the future of protein design. Science China Life Sciences， Volume 68, pages 2880–2890
- Liu, T., Shen, J., Zhong, D., Wang, K., Yan, J., Yao, Q., Ye, L., Li, K., Qi, D., Lu, Y. （2025）Conditional knockdown of gene expression in plants via 3’ UTR editing。 Plant Communications， 6, 101291
- Yao, Q., Shen, R., Shao, Y., Tian, Y., Han, P., Zhang, X., Zhu, J.K.*, & Lu, Y.* (2024). Efficient and multiplex gene upregulation in plants through CRISPR-Cas-mediated knockin of enhancers. Molecular Plant, 17(9), 1472-1483.
- Tian, Y., Zhong, D., Shen, R., Tan, X., Zhu, C., Li, K., Yao, Q., Li, X., Zhang, X., Cao, X., Wang, P., Zhu, J.K.*, & Lu, Y.* (2024). Rapid and dynamic detection of endogenous proteins through in locus tagging in rice. Plant Communications, 101040.
- Zhang, X., Song, M., Wang, Y., Yao, Q., Shen, R., Tian, Y.*, Lu, Y.*, & Zhu, J.K.* (2024). Programmable broad-spectrum resistance to bacterial blight using targeted insertion in rice. Cell Discovery, 10(1), 100.
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- Liu, T., Zhang, X., Li, K., Yao, Q., Zhong, D., Deng, Q., Lu, Y.* (2023) Large-scale genome editing in plants: approaches, applications, and future perspectives, Current Opinion in Biotechnology, 79:102875
- Shen, R., Yao, Q., Zhong, D., Zhang, X., Li, X., Cao, X., Dong, C., Tian, Y., Zhu, J-K and Lu, Y.* (2023) Targeted insertion of regulatory elements enables translational enhancement in rice. Frontiers in Plant Science, 14:1134209
- Tian, Y., Zhong, D., Li, X., Shen, R., Han, H., Dai, Y., Yao, Q., Zhang, X., Deng, Q., Cao, X., Zhu, J. K., and Lu, Y.* (2022). High-throughput genome editing in rice with a virus-based surrogate system. Journal of integrative plant biology, 10.1111/jipb.13381
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- Lu, Y., Ye, X., Guo, R., Huang, J., Wang, W., Tang, J., Tan, L., Zhu, J.K., Chu, C., and Qian, Y.* (2017). Genome-wide Targeted Mutagenesis in Rice Using the CRISPR/Cas9 System. Molecular Plant 10:1242-1245.
- Lu, Y., and Zhu, J.K.* (2017). Precise Editing of a Target Base in the Rice Genome Using a Modified CRISPR/Cas9 System. Molecular Plant 10:523-525.
- Wang, M.#, Lu, Y.#, Botella, J.R., Mao, Y., Hua, K., and Zhu, J.K.* (2017). Gene Targeting by Homology-Directed Repair in Rice Using a Geminivirus-Based CRISPR/Cas9 System. Molecular Plant 10:1007-1010.
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- Lu, Y., Chen, X., Wu, Y., Wang, Y., He, Y., and Wu, Y.* (2013). Directly transforming PCR-amplified DNA fragments into plant cells is a versatile system that facilitates the transient expression assay. PLoS One 8, e57171.
- Xiong, J.#, Lu, X.#, Lu, Y.#, Zeng, H., Yuan, D., Feng, L., Chang, Y., Bowen, J., Gorovsky, M., Fu, C., et al. (2011). Tetrahymena Gene Expression Database (TGED): a resource of microarray data and co-expression analyses for Tetrahymena. Science China Life Sciences 54, 65-67.
- Srivastava, AK., Lu, Y., Zinta, G., Lang, Z., and Zhu, J.K.* (2018). UTR-Dependent Control of Gene Expression in Plants. Trends in Plant Science 23:248-259.
- Zhan, X., Lu, Y., Zhu, J.K., and Botella, J.R. (2021). Genome editing for plant research and crop improvement. Journal of integrative plant biology 63, 3-33.
- Wang, M., Mao, Y., Lu, Y., Tao, X., and Zhu, J.K.* (2017). Multiplex Gene Editing in Rice Using the CRISPR-Cpf1 System. Molecular Plant 10:1011-1013.
- Wang M, Wang Z, Mao Y, Lu Y, Yang R, Tao X, Zhu JK*. (2019). Optimizing base editors for improved efficiency and expanded editing scope in rice. Plant biotechnology journal 17(9):1697-1699.
- Liu, H.J., Jian, L., Xu, J., Zhang, Q., Zhang, M., Jin, M., Peng, Y., Yan, J., Han, B., Liu, J., Lu, Y. et al. (2020). High-Throughput CRISPR/Cas9 Mutagenesis Streamlines Trait Gene Identification in Maize. The Plant Cell 32:1397-1413.
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- Wang, Y., Li, L., Ye, T., Lu, Y., Chen, X., and Wu, Y.* (2013). The inhibitory effect of ABA on floral transition is mediated by ABI5 in Arabidopsis. Journal of Experimental Botany 64, 675-684.
专利著作
- 提高基因转录水平的玉米短增强子元件，CN202511890041.7，2025
- 提高基因转录水平的小麦短增强子元件，CN202511890042.1，2025
- 提高基因转录水平的大豆短增强子元件，CN202511890046.X，2025
- 提高基因转录水平的番茄短增强子元件，CN202511890045.5，2025
- 腺苷脱氨酶、融合蛋白、碱基编辑器系统及用途，CN202510456042.4 ，2025
- 一种编辑蛋白及其应用，CN202511388060.X ，2025
- 一种靶向富集特定DNA 的液相芯片及其应用，CN202511002414.2 ，2025
- 一种靶向抑制基因表达的方法及应用，CN202480003742.1 ，2024
- 一种高尿酸血症的非人哺乳动物模型的制备方法及其用途，CN202510124487.2 ，2024
- 一种抗病毒融合蛋白及其应用，CN202411812134.3 ，2024
- 一种单子叶植物基因编辑载体及其编辑基因的方法和应用，CN202411213088.5 ，2024
- 高通量的顺式作用元件筛选系统及筛选方法，CN202410976595.8 ，2024
- 一种玉米基因编辑方法，CN202311635827.5 ，2023
- 一种抗草甘膦的植物，CN202210446930.4 ，2023
- 提高基因转录水平的病毒短增强子元件及其应用，CN202311530587.2 ，2023
- 提高基因转录水平的水稻内源短增强子元件及其应用，CN202311530535.5 ，2023
- 通过定向插入增强子实现植物基因组定点激活的方法，CN202311530652.1 ，2023
- 一种靶向抑制基因表达的方法及应用，CN202311420773.0，2023
- 一种基因编辑蛋白、其相应的基因编辑系统及应用，CN202310532845.4 ，2023
- 一种重复片段介导的植物定点重组方法，CN201810368574.2 ，2023
- 水稻尿嘧啶DNA糖苷酶及其在基因编辑诱导植物单碱基多样性中的应用，CN202210583259.8 ，2022
- 基于Cpf1的植物基因组定点编辑方法，CN201711249583.1 ，2022
- REPEAT-MEDIATED PLANT SITE-SPECIFIC RECOMBINATION EMTHOD，US2021/0095299 ，2021，美国
- 在植物细胞内表达外源基因的核酸构建物及其应用，CN201710061566.9 ，2021
- 一种用于植物基因组定点碱基替换的载体，201611180376 ，2016
- 植物基因组定点敲入方法，201610980732 ，2016