坚持通识教育基础上的宽口径专业教育，加大用生物、信息与工程等现代科学技术改造和提升传统农业学科，构建了农业生物学科基础课程教学平台。在开展教育思想学习与讨论的基础上，完成了2005版本科教学培养计划的修订，提倡研究型教学和研究型学习，改变实验教学附属单门理论课程教学的传统实验教学模式，将实践教学课程单独设课，把学科基础课程平台的理论课与实验课分离，在专业方向课程中构建了各专业的综合实验（1）、（2）、（3），并加强毕业论文（设计）等实践教学环节。 学院加强了农科创新人才培养的研究和教材建设，《现代农业科学创新人才培养模式的研究与实践》课题获学校教学成果特等奖、上海市教学成果一等奖；在上海市每四年一次的高校教材评审中，《食品工程原理》和《都市农业导论》获上海市普通高校优秀教材二等奖；《食品工程原理》获上海市精品课程，取得精品课程零的突破。 学院实行按“生物技术类”和“环境生态类”招生，新生入学时不分专业。第三学期末，按第一学年的课程成绩和个人申请，经院、校批准后，在学院所属专业中选读一个专业。大多数学生还可选修第二学科学士学位。第七学期，一定比例的学生可直升硕、博士研究生。2005年选派了7名学生到香港大学和香港中文大学交流学习。 学院聘请校内外院士、博导开设了《现代农业前沿讲座》课程，使学生了解现代农业高新科技研究和发展的前景，激发学习积极性。学院大力实施本科生创新能力研究计划（即PRP）；投入30万元改善实验教学中心的实验条件，