我院科研工作在继续实行“上天入地，抓大放小”计划后，国家级项目立项、SCI、EI、专利继续以50％以上快速增长，科研经费在各种激烈的竞争和困难中仍以30％速度增长；SCI、专利、人均科研经费等关键指标仍保持国内农业院校之首；崇明生态农业、食品安全等项目继续取得较好成效。2006年学院主持申报863项目17项，成功立项10项（其中重大、重点2项，人医生物医学领域1项）申报成功率58％；科研到款经费突破2700万元。SCI论文71篇（2005年50篇）；EI 32篇，专利授权40项（其中新品种8项）；国家自然基金项目6项；继2905年学院论文在PNAS上发表后，2006年又在国际著名刊物AVR封面登载了学院的学术论文，表明了学院科研工作开始了从量到质的转变；在许多国家重点建设，重大事件中学院开始参与和发挥重要作用，2005年我国四川省爆发300余人猪链球菌2型感染以及2006年全国爆发导致养猪业损失惨重的猪无名高热时，学院除派出教师到北京现场进行SPF小型猪实验动物化指导工作外，通过同南京农大、农业部兽医检测中心、中国农业科学院哈尔滨兽医研究所、扬州大学等单位的合作，用自己培育出特有的SPF小型猪在动物回归实验发挥了重要的作用，对确诊该病作出了关键性贡献。